يقع مسجد سيد الشهداء شمال المسجد النبوي بنحو 3 كلم، بالقرب من جبل أحد ومقبرة شهداء أحد، في الموقع المرتبط بأحداث غزوة أحد التي وقعت في السنة الثالثة من الهجرة.

واستحدث المسجد في رجب (1438هـ) بطراز معماري حديث على مساحة تقارب 54 ألف م2، ويتسع لنحو 15 ألف مصل، مع تهيئة ساحاته ومرافقه بالخدمات المساندة التي تخدم الزائرين وقاصدي المنطقة.

ويقع المسجد مقابل جبل الرماة، وهو هضبة صغيرة غرب جبل أحد ارتبطت بأحداث المعركة، ويعد الموقع ضمن نطاق المعالم المرتبطة بالسيرة النبوية التي يقصدها الزائرون في المدينة المنورة.